應用化學系成立於1995年，系教育目標係以本校之辦學目標為基準，擬定為培育具有基礎科學素養之應用化學人才，全體教職員與學生均致力於達成本校「勤學」、「敦品」、「力行」之校訓。從成立至今，已獲得科技部「化學推動中心」化學學門評鑑(2004年)優良系所以及連續三次獲得教育部科技大學評鑑一等系所之評價，並通過中華工程教育學會(IEET)之工程教育認證(TAC)，成為國際認證之學系。本系學制包含：博士班(生化科技)、碩士班(含在職專班)及大學部 ，有完整之教育體系。此外，為推升本系邁向綠色化學之目標，於2017年整合原有校級中心(費洛蒙中心、亞洲穀物檢驗中心、農產加工驗證中心)，成立「健康農糧中心」，以綠色農業、友善環境為發展重點；此外，本系也是中部地區唯一具有化工乙級術科考場之科技大學。未來，本系將持續深耕系所特色，以逐步勾勒出本校「深耕台灣、邁向國際、永續發展」之教育願景。